(1)实仓施药。借助一种手动式的振荡机将硅藻土施入螺旋保送机(或皮带保送机上)，和粮食一同进入仓内，其用量根据不同种类的硅藻土活性不同而异，约在300-1000ppm。硅藻土还可与通风低温别离运用，与磷化氢气体熏蒸别离运用。
(2)空仓及仓储设备消毒。硅藻土可用于空仓及设备消毒，即把硅藻土掩盖于仓房内建筑物或仓储设备表面，能收到良好效果，但环境相对湿度不能超越70%，否则效果差。施用方法有干法和湿法两种。①干法：用喷粉机或通风系统化的风机把硅藻土粉末喷布于空仓内各处，最小用量是2g/m2。干法不需求特殊设备，容易运用，费用低，在小型的库房内运用效果更好。但干法的粉尘对环境和运用人员有影响，因此施用人员必需配戴防尘用具。在施粉过程中如仓房内能见度低于1m时，应中止施粉。②湿法：就是把硅藻土和水混合成的泥浆(硅藻土与水的比例是10%)，用喷雾设备、喷洒设备喷盖各处，普通硅藻土用量为6～10g/m2，用量比干法大，但喷涂比干法均匀。湿法最大的好处是对施用者安全，没有粉尘危害。其次是湿法喷涂的均匀，且在结构表面吸附的时间更长，也就是说有效时间长。湿法的缺陷是硅藻土用量大，是干法的4～5倍。施用设备费用高于干法。在清洁仓房时仍以后粉问题。
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